Das NSG Bottendorfer Hügel befindet sich im Grenzgebiet von Thüringen und Sachsen-Anhalt nördlich der Gemeinde Bottendorf und nordwestlich von Roßleben im Kyffhäuserkreis. Das NSG umfasst mehrere Erhebungen, welche in der sogenannten Unstrutaue liegen. Das Gebiet ist charakterisiert durch ausgedehnte Trocken- und Halbtrockenrasen sowie durch für Thüringen einzigartige Schwermetallrasen (ehemaliges Kupferschieferbergbaugebiet mit Kleinhalden). Ein Drittel des Schutzgebiets besteht aus Ackerflächen.

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Steffie Siehr von der NABU-Gruppe Sömmerda (https://www.nabu-soemmerda.de) betreut die beiden Standorte Wipperdurchbruch und Bottendorfer Hügel seit 2020.